Strakonické muzeum bylo založeno v roce 1894. Podnětem se stalo pořádání Českoslovanské národopisné výstavy v Praze v roce 1895. Od roku 1923 neslo v názvu jméno okresního školního inspektora Jana Dyka, který se zasloužil o jeho rozvoj a poválečné obnovení činnosti. Do areálu hradu bylo po četném stěhování umístěno v roce 1936 a pro veřejnost byly sbírky otevřeny v květnu 1937 u příležitosti návštěvy prezidenta Beneše ve Strakonicích. Nepříznivě zasáhla do života muzea druhá světová válka, kdy byla činnost opět zcela zastavena. Rozhodnutím Krajského národního výboru v Českých Budějovicích z března 1951 získalo původně městské muzeum charakter okresního muzea a v roce 1953 bylo přejmenováno na Okresní vlastivědné muzeum ve Strakonicích. Jeho zřizovatelem se stal Okresní národní výbor Strakonice (od prosince 1989 do 31. 12. 2002 Okresní úřad). Důležitým mezníkem byl rok 1955, kdy bylo od 1. ledna muzeum odděleno od archivu. V roce 1967 dostává muzeum svůj současný název Muzeum středního Pootaví. S reformou veřejné správy se od 1. ledna 2003 stává krajským muzeem, jehož zřizovatelem je Jihočeský kraj.

Sál se nachází ve stejnojmenné věži, která byla postavena kolem roku 1508 za velkopřevora Jana z Rožmberka v renesančním slohu. Měla sloužit rytířům jako hodovní síň po lovech v okolních lesích.
Zajímavý a historicky cenný je malovaný kazetový strop. V roce 1990 byl restaurován a současně byly opraveny i dochované fragmenty nástěnných maleb. Dnes slouží Jelenka pro výstavní účely a komorní kulturní akce.

Tato místnost původně spojovala černou kuchyni s hodovní síní Jelenkou. Z původní výzdoby se zachovala část nástěnných maleb s vyobrazením jelena (nad vchodem).
Dnes se zde pořádají sezónní výstavy muzea.

Nejstarší osídlení okresu dokládají nálezy kamenných nástrojů z mladšího úseku starší a zejména ze střední doby kamenné (před asi 40 až 8 tisíci lety). Zcela nedávno bylo i na Strakonicku prokázáno osídlení neolitické (mladší doba kamenná - neolit - 5. až 4. tisíciletí př.n.l.: sídliště a pohřebiště u Radčic nedaleko Vodňan) a eneolitické (pozdní doba kamenná - výšinná sídliště podél Otavy a ojedinělé nálezy kamenných nástrojů). Ve starší a střední době bronzové bylo Strakonicko osídleno pouze sporadicky. K intenzivnímu zalidňování došlo až v mladší době bronzové (kultura knovízská - 1200 až 800 let před n.l.) a poté ve starší (kultura halštatská, 6.-5.stol. př.n.l) a v mladší době železné (kultura laténská - Keltové - 5.stol.př.n.l. až 0). Střední Pootaví bylo osídleno i po změně letopočtu. Usadily se zde komunity polabských Germánů, a to zejména podél Otavy, např. u Přešťovic (rozsáhlé pohřebiště s 522 žárovými hroby a sídliště) - 2. až 5. stol.n.l. Od 8. století pronikají na Strakonicko i první Slované. Významná je oblast středního Pootaví jako centra místního knížectví s hradišti Kněží hora u Katovic, Hradec u Řepice, Hradiště u Libětic a Hradec u Němětic. Tato hradiště zanikla násilně počátkem 10. století. Z 12. století pocházejí nálezy z největšího v Čechách dosud objeveného vesnického kostrového pohřebiště (s asi 700 hroby) z Radomyšle u Strakonic.

Celé Pootaví je známo i svým bohatstvím zlata, které zde z říčních náplavů (sekundárních ložisek) bylo exploatováno - rýžováno - již od doby bronzové. Největší prosperity a boomu dosáhlo v době laténské, kdy byly náplavy rýžovány Kelty a poté ve vrcholném středověku (12. až 13. století).

K objasnění nejstarší historie okresu významně přispěl archeolog Bedřich Dubský, který zde prováděl výzkumy v letech 1910-1950. Na jeho práci navázalo od konce 70. let 20. století archeologické oddělení Muzea středního Pootaví.

Expozice zachycuje období od první písemné zmínky o Strakonicích (r.1235) a vývoji hradu. Ve zkratce je zde zachycen život na hradě i ve městě, nechybějí chladné zbraně a oblečení šlechticů 13. stol. Je zde také připomenuta bitva U Sudoměře. Husitství se Strakonicka dotklo jen velmi málo. V roce 1424 byl hrad neúspěšně obléhán husity. Ti ale nakonec od dlouhodobého obléhání upustili a táhli na Klatovy a Plzeň.

V 15. století se Strakonice zapsaly do českých dějin ještě jednou, došlo zde k ustavení tzv. strakonické jednoty. Sešli se zde příznivci katolické rožmberské strany a otevřeně vystoupili proti Jiřímu z Poděbrad. Odboj strakonické jednoty skončil porážkou u Rokycan. Po ní bylo 3. srpna 1450 uzavřeno příměří.

Sál je z pol. 16. stol s původní výzdobou na stěnách a malovaným trámovým stropem v renesančním stylu. Expozice připomíná život ve městě a okolí od pol. 16. stol. do konce 18. stol. Mezi nejzajímavější předměty patří lodní dělo z flotily maltézského řádu, potopené v roce 1522 při obléhání ostrova Rhodu Turky. Expozici doplňuje oblečení šlechticů z počátku 16 století a keramickí plastika sv. Anny.

Expozice předkládá obraz společenského a kulturního života ve městě druhé poloviny 19. století.
Jsou zde připomenuty významné osobnosti Strakonic: František Ladislav Čelakovský ( 1799 - 1852), Jan Vlastislav Plánek (1789-1865) a kněz Josef Šmidinger (1801-1852), který po venkově v době národního obrazení šířil české knihy.

Druhá část sálu představuje řemeslnou výrobu na Strakonicku (pekařství, hrnčířství, vorařství). Strakonicemi protéká řeka Otava, po které se několik století plavilo dřevo ze Šumavy do středních Čech, někdy až do Hamburku.

Interiér selské světnice s tkalcovským stavem z roku 1841 nám dává nahlédnout do života na venkově v 19. století a připomíná nám hlavní způsob obživy v našem kraji. Loutkové divadlo a vybavení školy přibližují život v 19. století.

Mnoho lidí spojuje Strakonice s dudami a dudáctvím. Od nepaměti působila na Prácheňsku celá řada dudáků, samotné Strakonice nevyjímaje. Místní legenda dala vzniknout divadelní báchorce J. K. Tyla Strakonický dudák. Strakonice též proslavily Mezinárodní dudácké festivaly. Festivalů se účastní dudáci z různých zemí celého světa. Konají se od roku 1967.

Na předchozí část navazuje specializovaná expozice nazvaná Dudy a dudáci v Čechách. Jedná se o největší vystavenou kolekci českých dud v České republice. Nástroje pochází z doby od konce 18. století až do druhé poloviny 20. století. Návštěvníci se zde seznámí s historií vývoje dud a jejich předchůdci (jednoduchými dechovými nástroji). Jádrem celé expozice je výběr řemeslně nejzdařilejších a nejzajímavějších dudáckých nástrojů pocházejících z území Čech a bohatá doprovodná ikonografie.
Kromě dud je tu možno zhlédnout i další nástroje, jež se k dudám při hře přidružovaly. Patří k nim např. cimbálek či harfa. K oživení dudácké expozice přispívá dotyková obrazovka, díky níž si návštěvníci jednoduchým způsobem mohou prohlédnout dobová vyobrazení dud, poslechnout si autentické nahrávky lidové dudácké hudby či zhlédnout video ukázky z předchozích ročníků dudáckých festivalů.

V roce 2006 došlo za přispění grantů MKČR a JčK k ozvučení části.

Pozdně gotická část hradu se zbytky nástěnných maleb - tzv. kola štěstí. Expozice ukazuje podobu města na počátku 20. století.

Nejstarším průmyslovým výrobním odvětvím ve Strakonicích je textilní výroba, a právě té je věnován úvodní sál prvního patra. Dokumentuje historii výroby fezů, která Strakonice proslavila od roku 1812. Současně připomíná židovské etnikum ve městě, protože to byly právě čtyři židovské rodiny, které stály u prvopočátků fezové výroby. Najdete zde nejen ukázky různých typů fezů, ale i stroje, na kterých se fezy vyráběly.
V roce 1899 se jednotlivé závody spojily a vytvořily Akciovou společnost pro výrobu fezů se sídlem ve Vídni. Část sálu je věnována kulturnímu a společenskému dění ve městě v 19. století.

První sál expozice nás zavádí do období po roce 1918. Ve Strakonicích vznikl další průmyslový závod - Jihočeská zbrojovka spol. s r.o. Z počátku vyráběla pistoli zn. Fox. V roce 1921 došlo ke spojení s továrnou na výrobu zbraní "Hubertus". S fúzí byl změněn název na Česká zbrojovka a. s. V roce 1922 bylo rozhodnuto o změně konstrukce pistole Fox na ČZ model 22. Byla to první krátká ruční palná zbraň vyráběná na našem území, u níž bylo dosaženo naprosté zaměnitelnosti všech součástek. V tomto období zbrojovka opravovala letecké kulomety, vyráběla signální pistole a součástky pro šicí stroje Baťa. V roce 1925 byla zahájena výroba pistole vz. 24 pro potřeby Československé armády. Ve 20. a 30. letech byly dále vyráběny pistole vz. 27, vz. 28, ČZ vz. 36, vz. 38, signální pistole vz. 28 a vz. 30, letecké kulomety, vojenské vzduchovky, přesná mířidla, nástroje pro sériovou výrobu precizních součástek, textilní a obráběcí stroje. Probíhal vývoj samočinné pušky a samopalu.
V roce 1932 byla zahájena výroba jízdního kola s pomocným motorem a v roce 1934 výroba cestovních motocyklů (ČZ 175). V období 2. světové války dochází k zastavení výroby motocyklů a kapacita továrny je soustředěna pouze na zbrojní výrobu. Zbrojovka vyrábí pistole, letecké automatické zbraně, polní děla, letecké pumy, kulometové nábojové pásy. Expozice je umístěna ve třech sálech tak, aby podávala obraz o městě od roku 1918 do současnosti. Najdete zde nejen exponáty, které dokladují výše zmíněný výrobní program ČZ, ale také výrobní sortiment průmyslového závodu Fezko.