Archeologické oddělení Muzea středního Pootaví funguje již od roku 1980 a navazuje tak na výzkumnou tradici spojenou se jménem archeologa Bedřicha Dubského. Od té doby archeologové muzea zajišťují podrobný terénní výzkum ve strakonickém okresu. Jeho součástí jsou povrchové sběry, archeologické záchranné výzkumy, dozory a dokumentace památek, a to i za pomoci letecké archeologie. V počátcích se muzeum zaměřilo na dokumentaci již známých a zachovaných nemovitých památek, mezi které patří např. mohylová pohřebiště, pravěká a středověká výšinná sídliště a hradiště, středověké tvrziště, tvrze a středověké hrádky, dále pak šibenice, větrný mlýn a památky dokládající těžbu zlata, jako jsou rýžoviště a zlatodoly. Zároveň však probíhal i průzkum nových lokalit, povrchové sběry a testovací sondáže. Díky tomu se podařilo objevit řadu sídlišť ze střední doby bronzové, ze starší a mladší doby železné a z raného až vrcholného středověku. V současné době muzeum klade důraz na archeologickou památkovou péči. Tedy na záchranu a ochranu archeologických movitých i nemovitých památek a komplexní péči o památkový fond. S tím jsou samozřejmě spojeny průzkumy a dorozy, předstihové a záchranné výzkumy.